Российские ученые смогли десятикратно ускорить анализ генома

Алгоритм актуален и при сборке полного генома организма

Ученые Института космических и информационных технологий Сибирского федерального университета (СФУ), расположенного в Красноярске, придумали алгоритм быстрого анализа генома. Программа работает по методу быстрого поиска с обобщенной шкалой нониуса, сообщает ТАСС.

"Идея напоминает работу штангенциркуля, который имеет штангу с основной шкалой и нониус — вспомогательную шкалу для отсчета долей делений. Этот принцип позволяет резко повысить скорости работы — в 10 раз, иногда больше. Кроме того, наш алгоритм может найти сходные участки ДНК там, где другие алгоритмы могут их пропустить", — рассказал один из авторов работы, доктор физико-математических наук Сергей Царев.

Создание быстрых алгоритмов поиска совпадающих подпоследовательностей в больших массивах данных является актуальной задачей для ученых. В частности, это важно в работе биологов. Открытые базы данных по генетическим структурам позволяют искать близкие генетические структуры или их части в режиме онлайн-запросов, но на выполнение такого запроса могут уйти дни. С такой же проблемой ученые сталкиваются при сборке полного генома организма, поскольку в нем большая доля повторов. Это может занимать занимает недели работы крупных вычислительных кластеров. 

Ранее в этом месяце сообщалось, что российские ученые из Научного центра волоконной оптики РАН изобрели источник инфракрасного излучения для работы в открытом космосе. Он сделан из оптических волокон, содержащих ионы висмута, и предназначен для работаты при длительном воздействии радиоактивного излучения и низких температур, близких к космическим. Это изобретение открывает новые возможности в различных сферах науки и техники.